
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用淡化球蛋白组学产品,实现1000+艰深度绘制位点检测,增强再次出现典型靶点,全方法生信分享解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“表明”到“证实”全具体步骤服务保障,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验性工艺流程
02、亲测动态数据
03、经“点”初现
在实测值参数中,检测几个论文参考文献中报导的经典传奇靶点还衣康酸掩盖位点,如首要个被会发现的衣康酸共价掩盖蛋清酶KEAP1,还糖酵解通道中的3个要素酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,包括炎性小体组合而成蛋清酶NLRP3和组织挫裂的过程中的要素蛋清酶RIPK3等,其质谱图内容如下图图甲中。
04、货品显著特点
1.几斤质控
餐饮业化炎症因子朋友测试探针孵育、SDS-PAGE检查、WB核实、子样本关于性剖析等多多位检查,加强组织领导业务然而稳定性。2.性能较高指标质谱检测设备手机平台
在Orbitrap Astral全新新一批高判别质谱仪金刚萨垛下,进行衣康酸性反应突显位点及蛋白酶鉴定结论新纵深,推助科学课理论研究新发掘。3.全环节一趟式贴心服务
对于拜谱生物体成熟的的实验性软件,可带来了“细胞膜培养计划→测试探针孵育→WB的检查→高妙度衣康酸性反应掩盖的检查→特权生信阐述→目标位点PRM证实”全具体步骤服务管理,省时省钱更省心省事。05、剖析方面(环节)
06、广泛应用路径
PART 2、文章转发
文献综述一
国外英文副标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
中文字幕关键词:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
深入分析的内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
专著二
英文怎么说小标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
英文版微信标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
研究探讨相关内容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、典例诞生难点
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13更具较少的底物根据学习能力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物制品衣康过酸体现组测评数据源中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康硝化作用表达(一下图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人心得体会
充当TCA不断循环中的两边基础细胞代谢转化物,衣康酸调节作用基础细胞代谢转化、抗体和细菌感染中间的互为体现,为冶疗抗体细菌感染性疫情作为了用作冶疗方式。衣康酸形式中的亲电性α,β-不供大于求羧酸形式能对核蛋白酶上的渗透性半胱氨酸残基完成烷基化突显(迈克尔加持体现),这一个泰语翻译后突显被被称作“衣康酸突显(itaconation)”,而能直接影响核蛋白酶实用功能,调节作用抗体初次应答和基础细胞代谢转化路经,为许多种疫情药材生产制造作为新思绪。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化体现血清组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床非常参考值靶向药物分泌组(QMT1000)或人体脂肪代谢转化率靶向药物代谢转化率组类产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
基准文章
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.