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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出具有广泛性的生物技术可溶性，包扩抗肉瘤和身体毒功能。基本，三萜是使用甲羟戊酸渠道组成的，并从天然的常绿植物和念珠菌中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探究本文。该探究出现三萜类类化合物虫草酸（GA）是进行透明液体的培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物工艺性转换所形成的。进行转录组和核淀粉酶组学工艺性进一点探讨无柄虫草菌丝体中DHT所形成2种虫草酸（GA）的考核机制，并依照两组学工艺性检测工具到的不一致性遗传基因和不一致性核淀粉酶，估测DHT 菌物工艺性聚合 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和功用归类

经由对无柄虫草真菌感染菌丝体使用转录组测序共的67230个转录本和14296个单遗传人类基因组。在这部分单遗传人类基因组中，49二个被鉴定结论为文化差异展现遗传人类基因组（DEGs），在这其中213个展现上浮，279个展现调整（图1A）。GO聚集数据研究后，DEGs可分成微生物全阶段（BP）、上皮组织细胞部分（CC）和大分子职能（MF）3类。在BP类属中，出现了了前三种子类属：抗菌药被分解转换成组织细胞消化吸收全阶段，醋酸钠盐组织细胞消化吸收全阶段和甲酸盐组织细胞消化吸收全阶段;而在CC类属中，上皮组织细胞外区、突触符合体、突触构造是前三种亚类。相对于MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）灵生物酶、脱色抹除酶灵生物酶和酸氨（或酰胺）无线连接酶灵生物酶是前三种亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG警报警报径路数据研究中，前30条聚集度高的警报警报径路中含27条类属组织细胞消化吸收，在这其中甲烷气体组织细胞消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐组织细胞消化吸收、丙酸盐组织细胞消化吸收警报警报警报径路相关系数聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和模块分类整理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经过对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体做出核淀粉酶酶质组学深入统计数据定量做出了解，共要确认了16,457种独特性肽、2606种核淀粉酶酶质和2588种化学发光法核淀粉酶酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立條件下，将在2606种核淀粉酶酶质中，94种被鉴定会为不同性表达方式方法核淀粉酶酶（DEPs），这之中52种调整，42种上涨（图2A），图2C彰显信息了不同性表达方式方法核淀粉酶酶的聚类算法深入统计数据定量做出了解热图。从GO深入统计数据定量做出了解来谈，BP分类彰显信息，大多都数DEPs参于乙酸盐人体体癌细胞系产生转化历程、消炎药降解人体体癌细胞系产生转化历程和用量降解人体体癌细胞系产生转化历程。CC类DEPs在人体体癌细胞系外区、过空气氮化合物酶体和微体中的比例表为最大，空气氧化物复原酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的比例表最大（图2B）。与转录组没想到相同，KEGG手机信号环路深入统计数据定量做出了解彰显信息，很多的DEPs在人体体癌细胞系产生转化中聚集，这之中3条最聚集的手段是光合生物学体中的碳稳固、碳人体体癌细胞系产生转化和MAPK手机信号手机信号环路（图2D）。不仅，经过深入统计数据定量做出了解GO统计数据库文件的CC对DEPs做出亚人体体癌细胞系品牌定位深入统计数据定量做出了解和标注（图2E），DEPs具体分散在人体体癌细胞系质（40.66%）、人体体癌细胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），概念上是GAs生物学体合成视频的具体地点。

图2|淀粉酶质组的按量分折和的功能核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物被转化和对应组侯选DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个性别差异表现DNA组（图3A）。对转录组和核营养物质组中E组和C组各有的DEGs/DEPs使用聚类具体分析一下具体分析一下，察觉mRNA和核营养物质期间有1五类调整DNA组和五类调低DNA组，DEGs与他译文资料的DEPs表现含量呈正相关联内容，源于Pearson的相关联内容指数具体分析一下，在转录组和核营养物质组期间探测到对较高的相关联内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测结杲显视，E组和C组15个DEGs的传达方法平行对比相关性，但其中9个为上浮DEGs，3个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的传达方法上升趋势与转录多组分析结杲一样的。

图3|血清质组的化学发光法进行分析和能力认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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